Lo svantaggio di questo sistema era che obbligava Windows a riservare risorse per tenere aperto un processo impegnativo (un sistema operativo Dos) che magari non veniva utilizzato per quella specifica sessione. La Microsoft aggirò il problema con il file CMD.EXE: questo non viene caricato automaticamente all'avvio ma deve essere lanciato appositamente per avviare il prompt dei comandi, il quale sebbene utilizzi i comandi DOS, non è un sistema operativo ma un ambiente di emulazione!
In pratica è una delle poche Shell a linea di comando di windows, la più simile alle shell in uso in ambito *nix (come sh, bash, csh, tcsh,ksh, per citare le più note), rispetto alle quali però rimane piuttosto limitata dovendo rimanere comunque retrocompatibile con il linguaggio batch. Per ovviare a questa mancanza Microsoft nel tempo ha sviluppato altre soluzioni di scripting, come Windows Script Host e Windows PowerShell.