I files con estensione .mov non sono tutti uguali, poiché .mov è un "contenitore", come .avi, e perciò all'interno si possono trovare codifiche differenti...
Se i .mov che tu hai provengono ad esempio da una fotocamera sono i .mov più "elementari"...
Comunque: prova con Any Video Converter, vedi cosa succede, e poi prendi in considerazione anche Free MOV 2 AVI, che è specifico per la conversione in .avi dai formati QuickTime...
Io, personalmente, uso Prism, della NCH (un mostro in campo multimediale), che mi converte qualsiasi cosa in qualsiasi cosa.
http://forum.zeusnews.com/viewtopic.php?t=42432