Il progetto eMule nasce il 13 maggio 2002 grazie al programmatore tedesco Hendrik Breitkreuz, conosciuto come Merkur.
Insoddisfatto del client peer-to-peer eDonkey2000 e convinto che avrebbe potuto fare di meglio, Merkur radunò intorno a sé altri sviluppatori con lo scopo di creare un programma eDonkey-compatibile ma con molte più funzioni. Nasce così il progetto eMule. Hendrik Breitkreuz e i suoi amici non potevano immaginare che il programma, grazie alle sue caratteristiche innovative, sarebbe diventato rapidamente il principale peer-to-peer client di file sharing sulla Rete.
Come nome del progetto venne scelto eMule per sottolineare sia le somiglianze che le diversità con il programma eDonkey2000: in inglese infatti donkey significa asino mentre mule significa mulo che è un animale molto simile all'asino. L'aggiunta della "e" sta a significare electronicMule: mulo elettronico. La parola, nella sua interezza, costituisce un simpatico gioco di parole, evidenziando il fatto che emule "emula" le funzionalità di eDonkey.
Come nome del progetto venne scelto eMule per sottolineare sia le somiglianze che le diversità con il programma eDonkey2000: in inglese infatti donkey significa asino mentre mule significa mulo che è un animale molto simile all'asino. L'aggiunta della "e" sta a significare electronicMule: mulo elettronico. La parola, nella sua interezza, costituisce un simpatico gioco di parole, evidenziando il fatto che emule "emula" le funzionalità di eDonkey.