Per le partizioni del disco su un computer che esegue Windows XP è possibile scegliere tra tre file system: NTFS, FAT e FAT32. Tuttavia il file system consigliato è NTFS perché offre caratteristiche più avanzate rispetto a FAT o FAT32 e garantisce funzionalità che non sono supportate dagli altri due file system, quali ad esempio i servizi di Active Directory e la protezione basata su dominio